jQuery Mobile center popup on show

Для того чтобы разместить POPUP при появлении точно по центру экрана можно обрабатывать событие POPUPAFTEROPEN. В нем считать отступы сверху и слева и задавать их для POPUP.

$('#popupMenu').on('popupafteropen', function () {
    var centerX = ($(document).width() - $('.ui-popup-container').width())/2;
    var centerY = ($(document).height() - $('.ui-popup-container').height())/2;
      $('.ui-popup-container').css({
        top: centerY,
        left: centerX
    });
});